不允許穴盤苗完全干燥；反之，基質中水分過于飽和也不行，會造成根系缺氧0-2%
穴盤苗生產水分管理一般以子葉展開為分界線。
在子葉展開之前的水分管理比較簡便，西紅柿育苗盤，即要穴孔基質的下半部一直保持濕潤。僅僅控制穴孔上半部分基質的干濕交替即可。
我國近幾年大量用于蔬菜和花卉商品育苗。用穴盤育苗是一項新技術。穴盤是分格的，播種時1穴1粒，分苗時1穴1株。通過大量生產實踐證明，它與常規育苗相比有以下優點：
---勞動環境，便于手工操作。可坐在溫室的休息室內，把穴盤放在操作臺上，往穴盤里播種或分苗。作業后放到溫室里。
標準穴盤的尺寸為540mm×280mm，因穴孔直徑大小不同，孔穴數在18-800之間。栽培中、小型種苗，以72--288孔穴盤為宜。
裝好的盤要進行壓穴，以利于將種子插入其中，西瓜育苗盤，可用專門制作的壓穴器壓穴，也可以將裝好基質的盤垂直碼放在一起，4～5盤一撂，上面放一只空盤，兩手平放在盤上均勻下壓至要求---為止。
苗盤入床：將已播種的育苗盤鋪放在苗床中，及時用清水將苗盤澆透，澆水時噴灑要輕而勻，防止將孔的基質和種子沖出，然后在苗床上平鋪覆蓋一層地膜，以防止育苗盤內水分散失
苗齡比常規苗縮短10—20天，節省能源2／3，勞動效率提高了5—7倍。
苗盤入床：將已播種的育苗盤鋪放在苗床中，及時用清水將苗盤澆透，澆水時噴灑要輕而勻，防止將孔的基質和種子沖出，然后在苗床上平鋪覆蓋一層地膜，以防止育苗盤內水分散失。在覆蓋地膜時，育苗盤，需在育苗盤上安放一些小竹條，白菜育苗盤，使薄膜與育苗盤之間留有空隙而不粘結。
移栽時不損傷根系，緩苗迅速，成活率高。苗木長大后，就應開始使用控根快速育苗技術，移入控根快速育苗容器內，繼續生長。控根快速育苗容器是一種以調控根系生長的新型快速育苗技術，對防止根腐病和主根的盤繞有的功效。
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